Das Wappen der Stadt Burghausen ist erstmals auf dem Siegel einer Urkunde aus dem Jahr 1290 nachgewiesen. Dieses Siegel ging jedoch verloren. Die älteste vorhandene Darstellung des Stadtsiegels mit dem Stadtwappen stammt aus dem Jahr 1332 und beglaubigt eine Stiftungsurkunde des Burghauser Spitals. Die Stiftungsurkunde befindet sich im Stadtarchiv Burghausen.
Wappen, Fahnen und Dienstsiegel von Kommunen sind Hoheitszeichen. Wappen und Fahnen dürfen Dritte deswegen nur mit Genehmigung der jeweiligen Gemeinde verwenden. Für Burghausen lautet die offizielle Wappenbeschreibung: „In Rot auf grünem Dreiberg eine silberne Burg mit geöffnetem goldenen Tor. Drei Türme, von denen der mittlere höher und breiter ist; die Dächer sind golden.
Im Jahr 1255 fiel Burghausen bei der bayerischen Landesteilung an Herzog Heinrich von Niederbayern, der Burghausen als Residenz neben Landshut ausbaute. Das Wappen zeigt die Bedeutung Burghausens als Stadt mit Stadtmauer und geöffnetem Stadttor. Der Dreiberg kam erst im Jahr 1416 zum Wappen dazu.
Die Farbangaben zum heutigen Wappen der Stadt sind seit dem Jahr 1605 überliefert. Abweichend wurden 1912 und 1964 die Dächer in Blau dargestellt. Gemäß eines Gutachtens der Generaldirektion der Staatlichen Archive Bayerns aus dem Jahr 1977 ist jedoch die älteste Wappenbeschreibung mit den goldenen Dächern maßgeblich, die seitdem auch gültig ist.