Lo stemma della città di Burghausen è documentato per la prima volta sul sigillo di un documento del 1290. Tuttavia, questo sigillo è stato perso. La più antica rappresentazione esistente del sigillo cittadino con lo stemma cittadino risale al 1332 e autentica un atto di fondazione dell'ospedale di Burghausen. L'atto di fondazione si trova nell'archivio cittadino di Burghausen.
Stemmi, bandiere e sigilli ufficiali dei comuni sono simboli nazionali. Stemmi e bandiere possono quindi essere utilizzati da terzi solo previa autorizzazione del rispettivo comune. La descrizione ufficiale dello stemma di Burghausen recita: "In rosso su una triplice collina verde, un castello d'argento con un cancello d'oro aperto. Tre torri, quella di mezzo più alta e larga; i tetti sono dorati.
Nel 1255, quando lo stato bavarese fu diviso, Burghausen cadde nelle mani del duca Heinrich von Niederbayern, che sviluppò Burghausen come residenza accanto a Landshut. Lo stemma mostra l'importanza di Burghausen come città con una cinta muraria e una porta aperta. Il Dreiberg fu aggiunto allo stemma solo nel 1416.
I colori dell'odierno stemma della città si tramandano dal 1605. Al contrario, i tetti sono stati mostrati in blu nel 1912 e nel 1964. Secondo un rapporto della Direzione generale dell'Archivio di Stato bavarese del 1977, tuttavia, è decisiva la più antica descrizione dello stemma con i tetti d'oro, valida anche da allora.