A Burghausen ci sono tre scuole elementari, una scuola media, una scuola media e due scuole superiori. La città di Burghausen sostiene i costi del materiale per le scuole elementari e medie. La città è finanziariamente responsabile di queste scuole.
Le scuole elementari sono la Hans Kammerer e la scuola elementare Johannes Hess, entrambe a Neustadt. La scuola Hans-Stethaimer si trova nel centro storico. Nell'edificio scolastico, la scuola Hans-Stethaimer ospita anche una succursale della scuola Pestalozzi, un centro di educazione speciale a Neuötting. Anche la filiale di Raitenhaslach appartiene alla Scuola Hans Stethaimer.
I bambini vengono assegnati alle varie scuole elementari dal distretto scolastico dell'autorità scolastica di Altötting.
Le scuole secondarie di Burghausen sono la Franz-Xaver-Gruber-Middle School, la Maria-Ward-Realschule, l'Aventinus- e il Kurfürst-Maximilian-Gymnasium.
